ザビエル渡来450周年記念の年に完成。
旧聖堂のシルエットを継承しつつ現代の典礼に則った形とした。上方から降り注ぐ光の溢れる祈りの空間は。同時に幕屋・方舟・ザビエルの渡来船などのイメージを結ぶ。光をコントロールしながら深みを与える色ガラスにパンチングメタルを重ねた側壁は夜には象徴的な光を放射する。